Para poder convertir diferentes formatos de video, sea de un archivo o todos los de una carpeta yo uso:
Al abrirlo
Primero en el panel de la derecha debemos seleccionar el formato de destino en Devices, yo he puesto Android
También en Tools, Options, puedes parametrizar
Sobre todo la carpeta de destino
Con el botón Source podemos elegir una carpeta o un archivo
Si eliges una carpeta debes esperar a que el programa procese los archivos
Cuando termina debes pulsar en la flecha de Add to Queue
y elegir Add All
Al pie de pantalla veras cuantos archivos de van a procesar
Pulsas el botón Start y el programa empezara a hacer la conversión